К югу от Дуная, на землях Болгарии, Сербии, Греции, Македонии и Боснии, положение христиан радикально отличалось от ситуации в полуавтономных княжествах. Здесь Порта полностью ликвидировала местную государственность, уничтожила национальную аристократию и ввела прямое военно-административное управление, разделив земли на эялеты и санджаки. Балканы стали главным плацдармом империи в Европе, поэтому контроль над этой территорией со стороны мусульманской администрации был тотальным.

В демографическом отношении христиане на Балканах составляли абсолютное большинство населения, однако политических или военных прав они не имели. Согласно системе миллетов, всё православное население региона организационно подчинялось Константинопольскому патриарху. Патриарх и высшее греческое духовенство отвечали перед султаном за лояльность общины и сбор налогов, что приводило к двоякому угнетению славянского населения — со стороны османских чиновников и со стороны греческой церковной иерархии.

Главным бременем для балканского крестьянства стал налог девширме, известный как «налог крови». Раз в несколько лет османские чиновники в сопровождении военных отрядов забирали из христианских семей самых здоровых мальчиков в возрасте от 8 до 18 лет. Их увозили в Стамбул, насильно обращали в ислам, обучали турецкому языку и воспитывали в жесткой дисциплине. Самые способные попадали на придворную службу в школу Эндерун, становясь пашами и визирями, а большинство пополняло элитный пехотный корпус янычар. Этот налог не только обескровливал христианские общины демографически, но и создавал парадоксальную ситуацию, когда бывшие христианские дети становились самой фанатичной опорой правящей военной элиты империи.

Повседневная жизнь балканских христиан регулировалась строгими запретами шариата. Они платили подушную подать (джизью), которая юридически освобождала их от службы в османской армии, но фиксировала их статус подданных второго класса (райи). Христианам категорически запрещалось носить оружие, ездить верхом в присутствии мусульман, свидетельствовать против мусульманина в суде и строить церкви, которые превосходили бы по высоте или пышности местные мечети. Большинство храмов этого периода строились полуподземными, без куполов и колоколен, чтобы не привлекать внимания властей.

Такое давление породило специфическую форму вооруженного сопротивления — гайдучество. В лесах и горах Болгарии, Сербии и Греции (где их называли клефтами) формировались отряды христианских партизан. Они нападали на османских чиновников, сборщиков налогов, мусульманских землевладельцев (сипахи) и торговые караваны. Гайдуки не могли свергнуть власть султана своими силами, но они создавали постоянное внутреннее напряжение, из-за которого Порта была вынуждена держать на Балканах крупные регулярные войска, превращая регион в пороховую бочку империи.