Не встречая достаточного сопротивления со стороны английских властей, папство продолжило назначения епископов на кафедры в Ирландии. Однако папы также не могли полностью контролировать ирландскую иерархию и порой удовлетворялись формальными подтверждениями приверженности епископов своей власти. В правление Елизаветы местами имела место парадоксальная ситуация, когда значительное число ирландских епископов признавались одновременно и папством, и протестантским правительством в Лондоне. Последним из таких архиереев «двойного подчинения» был Юджин О’Харт. В 1562 году папа Пий IV назначил его епископом Ахонрийским; около 1585 года О’Харт был признан Елизаветой I, продолжив руководить епархией до своей кончины в 1603 году.

Так в Ирландии постепенно начала формироваться параллельная иерархия, когда папа и английское правительство назначали на одну и ту же кафедру разных кандидатов. Первым из папских иерархов в Ирландии, не признанных Лондоном, стал Донах О’Тай (Donagh O’Tighe), в 1560 году назначенный католическим архиепископом Армским. При этом миряне и значительная часть малообразованного низшего духовенства Ирландии еще несколько десятилетий жили в условиях «церковного папизма», стараясь не входить в конфликт с английской церковной политикой, но по мере возможного сохраняя католические обычаи.

Тенденция к изменению такого положения наметилась в 1562 году, когда Тридентский собор запретил католикам даже простое присутствие на богослужении «еретиков». В феврале 1570 года папа Пий V отлучил Елизавету I от Церкви, объявив ее незаконнорожденной узурпаторшей, и освободил католиков от обязанности повиноваться ей. В ответ в Англии были приняты т.н. карательные законы. Они запрещали служение католической мессы и даже присутствие на ней; приравнивали к измене переход в Римско-Католическую Церковь; запрещали католическим священникам находиться в Англии, а жителями страны – укрывать их. Наказанием были огромные штрафы или смерть. У тех, кто без королевского разрешения покидал страну более чем на полгода, конфисковалось имущество.

В Ирландии у английских властей не было возможности последовательно применять эти законы, хотя давление на католиков усилилось; на территории Пейла открытое исповедание католичества стало затруднено. Одновременно с этим в Ирландию стали массово прибывать католические священники, получившие образование в семинариях континентальной Европы. Их отношение к «церковному папизму» большинства ирландцев было резко отрицательным: нельзя одновременно быть католиком и считаться членом протестантской Церкви Ирландии. По мере увеличения количества «семинарских» священников всё больше ирландцев отказывались ходить в храмы официальной Церкви, становясь на позиции «нелегального католичества» – рекузантства (от лат. recusare, отказываться); многие не имевшие семинарского образования приходские священники также возвращались к полноценному католичеству и переставали служить в опустевших храмах. Однако если в Англии рекузанты составляли сравнительно небольшую группу и испытывали давление как властей, так и общества, живя в страхе наказания, то в Ирландии к концу 16 века они уже были в большинстве. У множества священников и даже епископов официальной Церкви Ирландии ближайшие родственники, включая детей, были католиками и отказывались бывать на протестантских службах.

Нежелание ирландцев посещать ставшие протестантскими храмы привело к обеднению официальной Церкви Ирландии, и, как результат, к сокращению численности духовенства. Храмы без должного ухода приходили в запустение, а положение священника и даже епископа в Церкви Ирландии, как правило, сулило меньше выгод, чем та же роль в Англии или Уэльсе. Хотя в Англии перемещения архиереев с кафедры на кафедру были обычной практикой, переводы епископов с ирландских кафедр на английские случались редко (при том, что английские священники назначались в Ирландию в качестве епископов регулярно).

История ирландской Реформации показывает, что религиозные преобразования невозможно объяснить одними лишь богословскими идеями или государственными указами. Там, где новая церковная политика воспринималась как инструмент внешнего господства, она неизбежно сталкивалась с сопротивлением общества, даже если первоначально это сопротивление не имело ярко выраженного конфессионального характера. Ирландский пример напоминает, что успех или неудача Реформации зависели не только от содержания вероучения, но и от языка, образования, местных традиций, политических обстоятельств и доверия людей к тем, кто пытался проводить перемены.