В XIV веке Исландия потеряла государственную независимость, перейдя сначала под власть Норвегии, а затем в состав Датского королевства. В 1530-х годах датский король Кристиан III принял лютеранство и начал агрессивную секуляризацию церковных земель с целью пополнения истощенной казны. Для Исландии, где Католическая Церковь оставалась последним независимым институтом и крупнейшим землевладельцем, это означало полную утрату остатков суверенитета. Южное епископство в Скалхольте быстро подчинилось приказам из Копенгагена, однако северное епископство в Холаре во главе с Йоном Арасоном оказало датчанам жесткое вооруженное сопротивление. Арасон сочетал в себе черты средневекового прелата и воинственного вождя: он владел единственным на острове печатным станком, содержал личную гвардию и имел шестерых признанных детей от своей постоянной сожительницы Хельги Сигурдсдоттир.

К 1550 году религиозный конфликт перерос в полномасштабную гражданскую войну. Арасон совершил стремительный военный поход на юг, захватил Скалхольт, изгнал протестантов и эксгумировал тело предыдущего лютеранского епископа, объявив его еретиком. Однако осенью того же года в битве при Саудафелле плохо организованные войска северян были наголову разбиты местными сторонниками датского короля под командованием Дади Гудмундссона. Сам престарелый епископ Йон Арасон и двое его взрослых сыновей, Ари и Бьёрн, были взяты в плен. Датские чиновники, опасаясь, что католики соберут новую армию для освобождения своего вождя, приняли решение действовать без санкции суда. 7 ноября 1550 года в Скалхольте епископ Йон Арасон и его сыновья были обезглавлены на эшафоте. Эта казнь вызвала волну народной ярости: зимой 1551 года исландские рыбаки выследили и перебили датский отряд, казнив всех причастных к убийству епископа, однако весной к берегам острова подошел военный флот Дании, окончательно подавивший сопротивление. Все монастыри были ликвидированы, их обширные земли конфискованы в пользу датской короны, а скриптории закрыты, что превратило Исландию на следующие триста лет в бедную и бесправную провинцию.

Христианизация Исландии осталась в истории примером того, как внешняя религиозная доктрина была полностью перестроена под нужды изолированной и суровой островной экосистемы. Благодаря компромиссному решению Альтинга в 1000 году переход к новой вере произошел без разрушения хрупкого социального контракта и структуры общества. Местная Церковь, управляемая местной элитой и говорившая на народном языке, не уничтожила национальную идентичность, а послужила для неё защитным каркасом. Монастыри Исландии выполнили уникальную задачу по архивации древнего языческого эпоса, превратив устные предания в мировую классику литературы, и именно этот гибридный менталитет позволил исландцам сохранить живую связь со своим прошлым, несмотря на трагический финал католической автономии в огне датской Реформации.