В 1534 году английский Парламент провозгласил короля Генриха VIII «верховным главой Церкви Англии», обозначив разрыв с папством и начало Реформации. Стремясь укрепить свою власть в Ирландии, в 1535 году Генрих подавил вооруженное выступление Килдэров и лишил эту династию наместничества, передав ирландские дела в руки английских чиновников. В 1541 году Ирландия была провозглашена королевством, а Генрих, до того носивший титул лорда Ирландии, стал ее королем. Гэльским королям и вождям предлагалось отказаться от своих исторических титулов, в обмен на английские титулы и укрепление своей власти в рамках английского права. Это касалось и епископов: им предписывалось отказаться от папского назначения на кафедру и быть «переназначенными» королевским указом. Многие гэльские аристократы пошли на это, однако на практике они продолжали править своими землями и кланами по старым ирландским обычаям.

Воспользовавшись тем, что Дублинская архиепископская кафедра с 1534 года пустовала, король назначил на нее англичанина Джорджа Брауна, который был рукоположен в архиереи Томасом Кранмером и прибыл в Ирландию в августе 1536 года. Вскоре после этого ирландский парламент объявил Генриха «главой Церкви Ирландии»; этот парламентский акт был первым случаем употребления термина «Церковь Ирландии». Браун, как и Кранмер, имел протестантские убеждения. Он уничтожил несколько чтимых ирландских реликвий, включая т.н. «посох святого Патрика» (Бахал-Ису), упразднил монастыри на территории Пейла и смог добиться признания королевского верховенства в Церкви от нескольких ключевых епископов, в частности, от архиепископа Армы Джорджа Кромера. Однако Браун оказался в конфликте как с местным духовенством и гиберно-нормандской аристократией, так и с английской администрацией в Пейле. Аристократы рассматривали его деятельность как часть политики английских властей, направленной на усиление власти Лондона в ущерб местным правам, а королевский наместник Ирландии Леонард Грей, напротив, видел в навязчивой протестантизации помеху укреплению королевского контроля над Ирландской Церковью. Даже сторонники Реформации полагали, что расчет Брауна на силовое давление не принесет результатов. Так, епископ Митский Эвард Стейплс, лучше Брауна знавший местные условия, призывал повышать образовательный уровень духовенства и действовать убеждением. Оба этих подхода был сложно реализовать в данный период из-за слабости английской власти в Ирландии и колебаний церковной политики Генриха VIII.

С воцарением Эдуарда VI в Англии началась «протестантская революция». Из английских храмов изымались «суеверные» предметы, иконы, статуи, реликвии; в ряде мест прошли иконоборческие погромы. Ирландии всё это практически не коснулось. В 1549 году был издан первый вариант Книги общественного богослужения, вводившей в практику Церкви Англии литургию на английском языке вместо латыни. В Ирландии использование этой книги началось со службы в Дублинском соборе на Пасху 1551 года. Вторая версия Книги общественного богослужения, вышедшая в 1552 году, носила еще более протестантский характер. Однако к концу правления Эдуарда ни один из двух английских служебников не успел получить распространения ни в гэльской Ирландии, ни даже в Пейле.

После кончины Эдуарда (1553) королевой Англии стала Мария I, при которой в стране было восстановлено католичество. Архиепископ Браун, к тому времени состоявший в браке, был низложен (1554). Влияние Реформации, бывшее крайне поверхностным, быстро сошло на нет. При этом курс на англизацию Ирландии остался неизменным, и преемником Брауна Мария сделала англичанина Хью Керуэна.

⬆️ Правительство Елизаветы I твердо стремилось поставить Ирландию под непосредственный контроль Лондона, причем в обозримые сроки. Военное и политическое давление помогало покорить страну, но вступало в противоречие с задачей укоренения протестантизма среди ее населения.