Севернее Балканского полуострова, за рекой Дунай, начиналась территория, которая подчинялась султану на совершенно иных условиях, чем «внутренние» провинции. Молдавия и Валахия не вошли в состав империи напрямую, сохранив статус вассальных княжеств.

По договорам с Портой на территории княжеств категорически запрещалось строить мечети и основывать мусульманские общины. Турки не имели права покупать здесь землю, владеть недвижимостью или жениться на местных уроженках. Даже османским купцам разрешалось приезжать в Бухарест и Яссы только на определенный сезон для закупки товаров по фиксированным государством ценам. Внутри княжеств полностью сохранялось действие старого христианского права, работали собственные суды, возглавляемые местными боярами, а административный аппарат оставался полностью христианским. Османы не размещали здесь регулярные гарнизоны, за исключением нескольких стратегических крепостей на самом берегу Дуная, таких как Браилов, Джурджу и Хотин, которые контролировали переправы и служили базами снабжения.

Главной обязанностью княжеств перед Стамбулом была выплата ежегодной дани — хараджа, а также фиксированные поставки продовольствия. До начала XVIII века султаны утверждали на престолах местных правителей (господарей) из румынских династий Мушатинов и Басарабов. Однако после того, как князья Димитрий Кантемир в Молдавии и Константин Брынковяну в Валахии попытались заключить тайные союзы с Россией во время Прутского похода Петра I, Порта радикально изменила систему управления. С 1711 года в Молдавии и с 1716 года в Валахии султаны начали назначать на дунайские престолы исключительно проверенных греков-фанариотов из Стамбула.

Для фанариотов назначение в Яссы или Бухарест стало вершиной политической карьеры, но для самих княжеств этот период оказался финансово тяжелым. Поскольку должность господаря покупалась в Стамбуле за огромные взятки великим визирям и придворным чиновникам, каждый новый правитель стремился вернуть эти деньги в кратчайшие сроки. Сроки правления наместников стали короткими — иногда всего по два-три года, после чего султан смещал их ради получения новой взятки от следующего кандидата. Это привело к росту налогов и введению новых сборов, что разоряло местное крестьянство.

При этом фанариотское правление имело глубокие культурные последствия. Привозные византийские придворные церемонии, открытие греческих академий в Бухаресте и Яссах, развитие книгопечатания укрепили позиции православной культуры. Николай Маврокордато, один из первых фанариотских господарей, провел ряд прогрессивных реформ, направленных на ограничение крепостного права. Дунайские княжества стали главным убежищем для христианских интеллектуалов со всего Ближнего Востока и Балкан, спасавшихся от прямого османского правления.