На Ближнем Востоке — в Сирии, Ливане, Ираке и Палестине — османская администрация столкнулась с чрезвычайно пестрой христианской общиной, состоявшей из православных арабов, маронитов, мелькитов (греко-католиков), сиро-яковитов, ассирийцев и халдеев (ассиро-католиков). Здесь христианство было особенно раздробленным, и Порта умело использовала внутренние противоречия между Церквами для поддержания своего контроля над регионом.

Наиболее автономное положение среди ближневосточных христиан занимали марониты, населявшие труднодоступные районы Горного Ливана. Они формально признавали верховенство Папы Римского, но сохраняли свои восточные обряды и сирийский язык в литургии. Благодаря горному рельефу и прочной клановой структуре марониты создали полунезависимый анклав. Османы управляли ими косвенно, через местных друзских эмиров из династий Маан и Шихаб. Марониты имели право носить оружие, формировали собственные феодальные ополчения, не платили джизью напрямую османским чиновникам и сохраняли полную внутреннюю свободу. Горный Ливан стал интеллектуальным убежищем для христиан со всего Ближнего Востока; здесь открывались первые в регионе типографии со шрифтом на арамейском и арабском языках и духовные семинарии, поддерживавшие связи с Римом.

Совершенно иначе жили православные арабы в крупных городах Сирии — Дамаске и Алеппо. Они были полностью интегрированы в городскую экономику, занимались международной торговлей по Шелковому пути, текстильным производством и ремеслами, но находились под жестким социальным давлением суннитского большинства. Проживая в строго определенных кварталах (Баб Тума в Дамаске) и были уязвимы перед любыми изменениями настроений местных пашей.

Особым узлом противоречий была Палестина и Иерусалим. Стамбул использовал контроль над святыми местами христианства как инструмент внешней политики и источник постоянного дохода. Право на владение Храмом Гроба Господня, Базиликой Рождества Христова в Вифлееме и другими святынями постоянно оспаривалось между православным Иерусалимским Патриархатом, Армянской Апостольской Церковью и католиками, представленными местными францисканцами. Османские чиновники и сам султан продавали фирманы (указы) на право ремонта купола, владения конкретным алтарем или проведения служб тем общинам, которые предлагали большую сумму или за которыми стояли влиятельные европейские покровители. Так, Франция поддерживала католиков, Россия — православных, а покровителями протестантов выступали Пруссия и Великобритания; из этой схемы выпадали лишь армяне, которым удивительным образом порой помогали османские власти — в пику европейцам, разумеется.