К концу 1550-х годов здоровье пожилого Швенкфельда было окончательно подорвано постоянным психологическим давлением и кочевой жизнью. Осенью 1561 года тяжелобольной мыслитель тайно прибыл в Ульм. Его укрыли в своем доме преданные последовательницы — сестры Катарина и Агата Штрайхер. Младшая из них, Агата, бывшая известным в городе врачом (и вообще первой дипломированной женщиной-врачом в Германии), обеспечила скитальцу профессиональный медицинский уход и безопасность в его последние дни.

10 декабря 1561 года Каспар фон Швенкфельд тихо скончался в возрасте 72 лет. Ульм в то время управлялся сторонниками лютеранской Реформации, для которых покойный теолог оставался официально осужденным опасным еретиком. Чтобы спасти тело мыслителя от неминуемого посмертного суда, позорного публичного сожжения палачом или осквернения, преданные друзья похоронили его тайно под полом дома сестер Штрайхер. Из соображений безопасности точное место захоронения держалось в секрете и остается безвестным до сих пор.

После смерти Швенкфельда его последователи, именовавшие себя «Исповедниками славы Христа» (или швенкфельдианами), на протяжении двух столетий подвергались преследованиям как в католических, так и в протестантских землях Европы. Устав от гонений, в 1734 году основная группа швенкфельдиан приняла решение об эмиграции за океан. Они обосновались в Пенсильвании (США). Там эта небольшая, но сплоченная религиозная община, бережно сохраняющая труды и дух «силезского рыцаря», существует по сей день.

В истории христианской мысли Каспар фон Швенкфельд остался редким примером «доброго радикала», который, не смотря на все расхождения с большинством богословов своего времени, не только оставался чужд любого насилия, но и даже теоретически не желал «посылать в ад» своих гонителей. Он сознательно отказался от политического влияния, комфорта и безопасности ради возможности верить согласно внутреннему свидетельству своей души. Критика схоластики и призыв к внутреннему преображению человека, с которыми выступал Швенкфельд, сделали его важнейшей связующей нитью между средневековой германской мистикой и грядущей эпохой пиетизма.