Конец «многополярного» христианства в Поволжье наступил в XIV веке. Официальное принятие ислама ханом Узбеком в 1312 году запустило процесс исламизации государственного аппарата.

Когда в XV–XVI веках Московское государство начало свой «натиск на восток», его представители застали на территории Булгарии лишь руины христианства. Летописцы и первые казанские архиепископы упоминали древние каменные здания в Болгаре, которые местные жители по традиции называли «церквами», но живой преемственности не существовало. Кроме того, русские священники порой принимали желаемое за действительное, видя в предполагаемых (или настоящих) христианских руинах оправдание своего пребывания в этих местах. Наиболее ярким примером стала «Греческая палата» — объект, чье название в народной памяти напрямую отсылало к византийским истокам.

Взаимодействие московской Церкви с этим наследием носило характер «освоения руин». Известно, что при строительстве православного монастыря в Болгаре в начале XVIII века под храм был приспособлен один из сохранившихся булгарских мавзолеев, который миссионеры считали древней церковью. Это свидетельствует о том, что домонгольское христианство воспринималось новой администрацией не как живой субъект, а как сакральный миф, помогавший легитимизировать русское присутствие через апелляцию к «возвращению» в некогда христианские земли. Для московского православия армяне и несториане были чуждой традицией, поэтому никакой попытки поиска реальных потомков древних общин не предпринималось. Оригинальное булгарское христианство окончательно перешло из живой истории в область археологии и преданий.