Организация мозаичного ансамбля подчинена строгой иерархической системе византийского видения вселенной, адаптированной под латинскую литургическую топографию. Пространство собора четко делится на три смысловые зоны: конха центральной апсиды (Небесная Церковь), трансепт и пресбитерий (евангельская история) и главный неф (история ожидания Мессии).

Абсолютным композиционным ядром всего храмового пространства является гигантское изображение Христа Пантократора в полукуполе центральной апсиды. Его масштабы сознательно нарушают пропорции интерьера, создавая эффект доминирования из любой точки собора.

Христос облачен в пурпурный хитон и синий гиматий со сложной прорисовкой золотыми линиями (ассистом). Выражение Его лица лишено суровости, свойственной более ранним византийским образцам; в нем читается монументальный покой и милосердие. В левой руке Он держит раскрытое Евангелие, где текст стиха (Ин. 8:12) продублирован: на левой странице — на греческом языке, на правой — на латыни. Пантократор, как и грозные сицилийские короли, не делит людей на нации, владычествуя над всеми.