Если главный неф посвящен Ветхому Завету, то трансепт (поперечный неф) и пресбитерий полностью отданы Завету Новому. Здесь разворачивается «праздничный цикл» — ключевые события земной жизни Спасителя от Благовещения и Рождества до Страстей Христовых, Воскресения и Вознесения.

Композиции в трансепте масштабнее, в них больше участников, архитектурных кулис и пейзажных элементов (византийских «горок»).

В боковых нефах, которые ниже и темнее центрального, расположены мозаики меньшего размера, повествующие о чудесах Христа (исцеление расслабленного, воскрешение Лазаря, укрощение бури). Южная и северная малые апсиды собора посвящены двум главным столпам церкви — апостолам Петру и Павлу, детально иллюстрируя их жития, исцеления больных и мученическую кончину.