В противовес такому мнению, большинство современных ученых убеждены в том, что значительную роль в отношениях между Кириллом и Несторием сыграли богословские различия, хотя политические соображения и недопонимание также имели место. Такие комментаторы убеждают, что главный предмет спора зависел от того, что принималось за отправную точку: две природы Христа или же единство его личности. В связи с этим многие полагают, что полное человечество Христа и его историческое описание в Евангелиях можно сохранить лишь в том случае, если за отправную точку брать две природы. С такой точки зрения подозрительной оказывается формула «единой природы» у Кирилла, что, вероятно, склоняет ученых считать, что Феодорова христология была более библейской, нежели учение Кирилла. Рэйвен (Raven) утверждает, что учение Кирилла ненамного отличалось от учения Аполлинария и что фактически большая часть ранней Церкви, как и они сами, пользовалась неадекватной концепцией Христова человечества. В противовес этому Рэйвен находит, что в позиции Феодора имелось явное признание истории как важного элемента и с библейской точки зрения более обоснованно подчеркивалось истинное человечество Христа, а также значение этого человечества для нашего спасения9. Похожего мнения придерживается Грир (Greer), утверждающий, что дуалистичная христология Феодора берет свое начало от антиохийской экзегетики, подчеркивавшей исторический факт Иисусовой личности в противовес более платоническим понятиям, склонявшим александрийских богословов по-особенному подчеркивать онтологическую статичность в противовес истории10.

Ученые, придерживающиеся такой позиции, обычно считают, что наличие столь резкого различения между Божеством и человечеством Христа, а также употребление специальных терминов с целью описать его человечество свидетельствуют о вере в его полное (независимое) человечество. Коль скоро Запад усвоил подобные способы описания Христа, то эти интерпретаторы обычно считают, что Западная христология более близка к Феодору, нежели к Кириллу. Гарнак (Harnack) убеждает, что Целестин (Келестин) придерживался позиции Нестория, учившего о двух природах, соединенных без смешения, а затем предал свою веру, когда перешел на сторону Кирилла в момент спора. Он считает, чтоТомосЛьва очень близок по содержанию к несторианству, и утверждает, что Кирилл отчасти бы отрекся от него11. Аманн (Amann) подобным образом пишет, что Кассиан, как и Запад в целом, находился ближе к Несторию, нежели к Кириллу, и даже утверждает, что попадись Кириллу КассиановоDe Incar. Dom.,он бы объявил эту работу несторианской12.

Ученые, убеждающие, что главный предмет спора зависел от того, что принималось за отправную точку – две природы или же единство Христа, часто утверждают, что, по существу, формула согласия и Халкидонское вероопределение отражали мотивы антиохийские, нежели кирилловские. Гарнак заявляет, что формула согласия надолго устранила из словаря греческого благочестия лозунг единой природы, который только и мог выразить суть тогдашней веры. В отношении же Халкидона он пишет, что участники собора могли принять Томос Льва лишь потому, что они сами себя ввели в заблуждение и подумали, что Кирилл проповедовал очень похожие идеи13. Сэмьюэл (Samuel) аналогичным образом утверждает, что лозунг Кирилла – «из двух природ» – и лозунг Льва/Халкидона – «в двух природах» – противоречили друг другу и что последний из них был, по существу, лозунг несторианский14. А вот Грегориос (Gregorios) рассматривает Халкидон как метод симметричного описания личности Христа, как союз равных природ (человеческой и Божественной), соделывающих личностное существо15.