В 402 г. начаты Феофилом гонения против Златоустого, сперва тайно, потом открыто. Мы уже видели (см. о Епифание), как умел он, отклоняя от себя беду, вооружить простосердечного Епифания против св. Иоанна. Златоуст! с своей стороны действовал со всею осторожностью по делу о великих братьях; дав убежище гонимым слепою злобою, он не принял на себя разбирать дела их, а только с любовью братскою ходатайствовал за них пред Феофилом. Феофил принял это за оскорбление прав своих и отвечал надменным письмом, тогда как должен был явиться к суду по указу императора, как виновный против империи. Он надеялся на тайные свои меры и на положение дел при дворе. Евдоксия имела много влияния и на действия Епифания1080. Беды собирались для св. пастыря: но пастырь и видел их и продолжал дело пастыря. Предлагая толкование на Послание к Солунянам, он говорил любившей его пастве: «Молитесь за нас. Хотя не великую и неудивительную пользу получаете вы от нас, но за сан молитесь... Молитесь за нас, говорю это не без размышления, но сильно желая молитв ваших. Если я должен иметь попечение о вас и должен дать отчет за вас: то тем более должен видеть ваши молитвы за меня»1081. И еще сильнее указывая на готовившиеся беды, говорил пастве: «жестокий и сильный против нас враг... Против нас сильнее ополчается диавол, – так и на войне бывает, что противник прежде всего старается низвергнуть управляющего войною»1082. По окончании этих бесед он предлагал еще последнее свое толкование учения апостольского – толкование послания к евреям1083. Такие труды пастыря не оставались без награды во внимании народа. Народ любил св. пастыря; как ни был он рассеян, перестал наконец ходить на зрелища и с радостью спешил в Церковь Божию, по гласу пастыря; он оставил, по его же убеждениям, многие из худых своих привычек; при благодати Божией Златоустый переменил весь вид Константинополя1084. Но тогда, как одни любили св. пастыря, некоторые при дворе и в духовенстве ожесточились против него. Зависть соединилась с злобою и открылось зрелище самое мрачное1085.

Злоба Евдоксии против св. пастыря доведена была до высшей степени тем, что ей сказали, будто Иоанн в своем слове против суетных женщин имел ее в виду1086. И потому, когда тот, кого вызывали как подсудимого, явился (в авг. 403 г.) в столицу судьею, при том с несколькими Египетскими епископами, которых никто не звал. Севериан, Акакий Берийский, Антиох Птолемаидский, которым архиепископ столицы делал иногда замечания по долгу и в виде советов, немедленно вступила с Феофилом в сношение1087. Иоанн хотел принять Феофила в своем даме, хотел видеться с ним, хотел по крайней мере испросить прощение, если в чем согрешил: Феофил все отверг, и открыл роскошные пиры для знаменитостей столицы1088. За тем открылся Собор при Дубе, едва ли лучший Синедриона Каиафы. Здесь также, как и там, обвиняли то за то, что Иоанн милостив к грешным и язычникам, то за то, что Иоанн слишком строго судит духовенство; также осуждали за несоблюдение некоторых обрядов, и также толковали слова и действия по уставу клеветы1089. В судьях видна также исступленная ревность1090.

Напрасно Собор из 40 епископов представлял Собору Феофила, что Феофил с своими епископами не имеет права судить дел не своей области. Тщетно Златоуст отвечал от себя, что готов явиться на суд, если только удалены будут враги его. Собор Дуба определил низложить Иоанна и, обвиняя его в оскорблении августейшего лица, предоставлял императору предать его казни. Император дал изволение об изгнании1091.

Народ, узнав решение дела, толпами собрался около храма с тем, чтобы оберегать невинного пастыря своего от насилий. Когда во второй раз было прислано определение императора, св. Иоанн взошел на кафедру с превосходным словом, в котором живо изображал твердость надежд своих на Господа и любовь к своей пастве, убеждая ее пребывать в молитвах1092. Потом тайно от народа отдал себя в руки чиновника, которому велено было отвести его в Пренесту, что в Вифинии. Народ, узнав об удалении пастыря, пришел в сильное волнение, город наполнился резкими жалобами на неправду. В следующую ночь было сильное землетрясение и удары его особенно чувствуемы были во дворце. Испуганная императрица просила императора немедленно возвратить Златоуста, и в туже ночь письмом почтительным приглашала св. Иоанна в столицу; послы за послами спешили к Златоусту. Иоанн, остановясь в одном предместии, требовал, чтобы новый Собор рассмотрел дело его; нетерпеливый народ опять стал выражать негодование на судей, и Златоуст вступил в Константинополь, оглашаемый радостными восклицаниями паствы своей. Его неотступно умоляли преподать мир в храме и сказать поучение. Любящий пастырь много отказывался, но не мог не исполнить желаний любящих чад своих; в кратной речи, он благословлял Господа за все пути Его1093; на другой день говорил другую беседу, в которой хвалил народ за постоянство в вере, прочел письмо императрицы; храм наполнился рукоплесканиями, и Златоуст должен был прекратить беседу, не кончив ее1094.

Собор, вскоре составившийся в Константинополе из 70 епископов, уничтожил определения Собора Дуба. Златоуст просил императора; чтобы присутствовали на нем и те самые епископы, которые осудили его. Разослан указ; Феофил ночью бежал в Александрию, не явился и после;нового требования. Св. Златоуст вступил в управление делами, но ненадолго. Враги его, спустя два месяца, снова пробудили гнев Евдоксии против вето. Пред Софийским храмом поставлена была статуя в честь Евдоксии; на публичных играх, открывшихся по сему случаю, префект Манихей старался довести и довел народ до сумасбродств: песни, пляски, рукоплескания произвели замешательство при богослужении; пастырь говорил сильную беседу против зрелищ1095. Префект представил это императрице, как оскорбление ее личности. Евдоксия опять запылала гневом, и опять вызваны враги Златоуста; Феофил прислал от себя депутатов с правилами, по которым некогда ариане низвергли св. Афанасия1096. Составившийся (в марте 404 г.) Собор против Иоанна рассуждал весьма долго1097; но принужден был оказать императору, что не может найти твердого правила для низложения архиепископа и предает дело его власти. Златоуст продолжал поучать свою паству. Наконец, пред Пасхою враги Иоанновы просили императора, чтобы он дал указ об изгнании архиепископа. Император согласился1098. Вечером в великую субботу вооруженные солдаты взошли в храм, где был св. пастырь с епископами и паствою; тысячи готовившихся к св. Крещению в ужасе бросились из крещальни, многие были убиты в храме и в крещальне. Св. пастыря отведи в его дом; ночью народ опять собрался в крещальню, и богобоязненные священники Иоанна начали совершать Крещение и читали Свящ. Писание, между тем, как другие храмы были пусты. Язычник Люций с отрядом солдат явился в крещальню, чтобы отогнать народ от храма, и опять полилась кровь1099. Клир Иоанна посажен в темницу, тиранство над верными чадами Иоанна равнялось только тиранству неистовых язычников1100. Два месяца пробыл еще Златоуст в своем доме, и в письме к папе Иннокентию, описав дела судей своих, просил составить Собор; о том же писал и к другим епископам Запада; вместе с тем послали особое послание епископы, составлявшие Собор в его защиту. Император Гонорий писал к Аркадию о составлении Собора: но все было напрасно1101. Отдано было повеление отправить Иоанна в Никею; св. Иоанн, чтобы не возмутилась за него паства, тайно отдал себя в руки чиновника, и 20 июня 404 года1102прибыл в Вифинию; в тоже число пожар обратил в пепел прекрасный храм св. Софии и сенат; за тем следовали опустошительные набеги варваров. Из Никеи в июле отправили Иоанна, по назначению Евдоксии, в Кукуз1103, что в Армении, а в октябре Евдоксия умерла от родов. Даже язычник Зосима смотрел на этот ряд событий, как на действия суда Божия1104.

Любовь сопровождала св. учителя и в место заточения, уважение к нему теперь даже возросло; каждый день приходили в дикий Кукуз из разных мест слушать наставления Златоуста1105. Св. Иоанн продолжал действовать для пользы верных с прежнею ревностью. Письмами своими он старался одушевлять и подкреплять усердных миссионеров своих в Финикии, Аравии и Персии; назначал новых помощников им, изыскивал средства для содержания их и для построения храмов1106. Известие о ярости язычников, умертвивших в Финикии пресвитеров, сильно опечалило его, и он спешил послать туда человека, способного смирить любовью ненависть слепцов1107. Иноки, посланные им к дунайским Готфам, также получили от него и утешения и подкрепления. О готфской Церкви сильно теперь беспокоился он. Од получил известие, что «чудный епископ Унила, которого посвятил, он не так давно и послал в Готфию, сделав много полезного, скончался, и готфский князь требует новаго епископа». Зная епископов, оставшихся в Константинополе, он тревожился, не посвятили бы они, по своему обыкновению, кого попало, в епископа готфам. С другой стороны там и в других местах люди, искренние в вере и благочестии, терпели от врагов его1108. Сердце его, как сердце Павла, расширялось теперь в любви более и более, и он обнимал заботливою любовью все Церкви: епископам Азия, Африки, Европы, писал он то внушения чистой любви христианской, то мысли о высоких нравственных предметах1109. Особенно же заботился утешать страдавших друзей своих в Константинополе1110, и между прочим двух пресвитеров, учителей училища Константинопольского1111. Образец любви его ко врагам своим представляет письмо его к Леонтию епископу1112Анкиры Галатской, к тому самому, который замышлял убить его в дороге1113. Почти два года пробыл св. Златоуст в Кукузе, по его словам, довольно покойно, но так покойно, как можно жить там, где непрестанно надобно было ожидать набега дикарей1114, и при том тому, который весьма слаб был здоровьем. «Болезнь, писал он сам, сильно сокрушила меня и почти совсем истощила, приковав на целую зиму к постеле». Так было зимою и во всю весну 404 года1115. В конце 405 и в начале 406 г. он принужден был, по причине набегов исаврян, переходит из одного места в другое и потом укрылся в арабисской крепости1116. Зимою 406 года опять терзала его жестовая болезнь1117. В пользу невинного Западные епископы и имп. Гонорий заботились довольно: в начале 406 года были посланы в Константинополь пять Западных епископов с требованием возвратить Златоуста на кафедру: но послы заключены в темницу1118. «Так надлежало тому быть, чтобы совершил ты и поприще мученика», справедливо говорил Феодорит1119. Указом велено было в известное число дней перевести Иоанна в Питиус Колхидский (в нынешней Абхазии1120). И без того слабый страдалец, и в зной и дождь, был три месяца в пути, и здоровье его совсем истощилось в Команах. Ночью явился ему мученик Василиск и сказал: «не унывай, брат Иоанн! завтра мы будем вместе!» св. Иоанн просил стражей оставить его в Команах до 11 часов; они повлекли его далее, но болезнь усилилась до того, что надобно было по неволе возвратиться назад. Приобщившись Св. Тайнам, он сказал: «Слава Богу за все»1121, и переселился ко Господу в 14 день сентября 407 года. «По заточении праведника, писал св. Нил, весьма многие из участвовавших в сем деле, призваны были на суд Божий и с воплем горьким исповедовали, что они тяжко согрешили против св. мужа»1122. «Дом Давидов укрепляется, а дом Саулов слабеет, как ты видишь», писал св. Исидор; он победил бурю жизни и переселился в небесный покой»1123. В 438 году мощи св. Иоанна торжественно перенесены были в Константинополь1124.