Начиная с 1993–го года, братство пережило несколько «волн» гонений. Один за другим отбирали храмы. На конференции «Единство Церкви», организованной Свято–Тихоновским институтом при поддержке и по инициативе части высшей иерархии, руководители института во главе с ректором решили публично отказаться от своих бывших единомышленников из среды братства. Также на конференции был подвергнут обструкции и круг учеников о. Александра Меня. После конференции в церковной и околоцерковной прессе, находящейся под влиянием фундаменталистских кругов, была развернута мощная и достаточно успешная кампания по дискредитации основных идей обновления церкви. Начались открытые гонения и репрессии против сторонников церковного обновления во многих епархиях. Причем неприятие нового было связано не только с Преображенским братством и о. Александром Менем, но и с именами о. Александра Шмемана и представителей «парижской богословской школой» в целом. В 1997–ом году началась новая волна гонений, преследовавших цель «выдавить в раскол» Преображенское движение. О. Георгий Кочетков по ложному дисциплинарному обвинению без суда был запрещён в служении и вместе с двенадцатью членами братства де факто отлучен от причастия. Братство маргинально. Конец этого этапа можно отнести к весне 2000–го года.