Первым русским консулом в Хакодате был назначен Иосиф Антонович Гошкевич (1814-1875), личность замечательная во многих отношениях. Он прибыл в Хакодате в третьей декаде сентября 1858 года в сопровождении семьи, морского офицера, врача, священнослужителя (последний по болезни вернулся на родину в год учреждения консульства), четырех слуг и двух служанок.

Еще до прибытия иеромонаха Николая в Японию русское консульство успело построить в Хакодате церковь Воскресения Христова (впоследствии, во время большого хакодатского пожара, эта церковь сгорела, и на ее месте был построен каменный храм). Строил и освящал церковь отец Василий Махов. Болезнь вынудила его уже через год покинуть Японию и вернуться на родину, после чего И. А. Гошкевич и обратился в Синод с просьбой прислать священника с высшим духовным образованием.

Следует заметить, что в эту пору отношение японцев к иностранцам было весьма и весьма недоброжелательным. Навязанные западными странами договоры «о мире» вызывали крайнее неудовольствие у самураев, считавших иностранцев «варварами» и ратовавших за их полное изгнание. Соответственно открытие страны и появление иностранцев способствовали развитию крайней ксенофобии, проявлявшейся порой в открытом насилии. Так, за первое полугодие 1861 года было убито шесть иностранцев. Вооруженные нападения на христиан, в которых японцы видели едва ли не главных своих врагов, происходили в Киото, Эдо и Иокогаме. В Хакодате инцидентов подобного рода не было, однако и к русским японцы относились с ничуть не меньшей, а то и большей подозрительностью, чем к другим иноземцам. Смута, а вместе с ней и антисёгунские настроения усиливались. В 1862 году началась настоящая гражданская война, закончившаяся в 1868 году отставкой сёгуна и созданием императорского правительства. Последним оплотом сил сёгуна волею судеб оказался Хакодате, занятый флотом Эномото. Однако флот этот был разбит императорскими силами уже в мае 1869 года. Император переехал в Эдо, получивший после этого название Тоокёо [Токио], или «Восточная столица». Началась эпоха Мэйдзи — эпоха «Просвещенного Правления».

«Один Господь знает, сколько мне пришлось пережить мучений в эти первые годы. Все три врага: мир, плоть и диавол — со всей силой восстали на меня и по пятам следовали за мной, чтобы повернуть меня в первом же темном, узком месте, и искушения эти были самые законные по виду: "Разве я, как всякий другой человек, создан не для семейной жизни? Разве не можешь в мире блистательно служить Богу и ближним? Разве, наконец, не нужны ныне люди для России более, чем для Японии?" И т. д. Тысячи наговоров выливают тебе в уши, и это каждый день и час, и наяву и во сне, и дома в келье, и на молитве в церкви. Много нужно силы душевной, великое углубление религиозного чувства, чтобы побороть все это».

О проповеди не могло идти и речи, ибо «тогдашние японцы смотрели на иностранцев как на зверей, а на христианство как на злодейскую секту, к которой могут принадлежать только отъявленные злодеи и чародеи». Помимо прочего, молодой миссионер не знал японского языка и не был знаком с японской религией, историей и культурой. «Приехав в Японию, я, насколько хватало сил, стал изучать здешний язык. Много было потрачено времени и труда, пока я успел присмотреться к этому варварскому языку, положительно труднейшему на свете, так как он состоит из двух: природного японского и китайского, перемешанных между собою, но отнюдь не слившихся в один». «Кое-как научился я наконец говорить по-японски и овладел тем самым простым и легким способом письма, который употребляется для оригинальных и переводных ученых сочинений». Сначала его учил японскому переводчик хакодатского губернатора. По рекомендации последнего иеромонах Николай стал посещать частную школу известного своей редкостной эрудицией Кимура Кэнсая. Там же он занялся изучением истории и литературы Японии, а также буддизма, синтоизма и конфуцианства. Помимо Кимуры Кэнсая, его наставниками были Сага Дзюан и Ниидзима Симэта. На кабинетные занятия ушло восемь лет. Практически все это время он занимался по 14 часов в сутки. Тогда же он стал посещать литературные собрания и языческие храмы. Д. М. Позднеев[1]пишет: «Путем постоянного чтения японской литературы и постоянного общения с японцами отец Николай достиг удивительного знания японского разговорного и книжного языка. У него был сильный иностранный акцент, однако это не мешало ему быть понимаемым всеми японцами от мала до велика, богатство словаря и легкость построения фраз давали его речи силу, приводившую в восторг всех японцев… Фразы были краткие, обороты самые неожиданные, но чрезвычайно яркие и сильные» (Позднеев Дм. Архиепископ Николай Японский (воспоминания и характеристика). СПб., 1912).

«Я старался сначала со всей тщательностью изучить японскую историю, религию и дух японского народа, чтобы узнать, в какой мере осуществимы там надежды на просвещение страны евангельской проповедью, и чем больше я знакомился со страной, тем более убеждался, что очень близко время, когда слово Евангелия громко раздастся там и быстро пронесется из конца в конец империи».

Первым обращенным в православие японцем стал Такума Савабе (1835-1913), бывший самурай клана Тоса, жрец старой синтоистской кумирни в Хакодате. Савабе состоял членом тайного общества, поставившего своей целью изгнать всех иностранцев из Японии, и был известен как превосходный фехтовальщик. В качестве учителя фехтования он и приходил к сыну русского консула И. А. Гошкевича. Некогда он странствовал по Японии, зарабатывая на жизнь уроками фехтования. Придя в Хакодате, он женился на дочери жреца синтоистской кумирни и принял не только его фамилию Савабе, но и наследственный жреческий сан и место служения своего тестя.

Подробный рассказ об обращении японца, происшедшем в 1864 году, приведен в книге А. Платоновой «Апостол Японии» (СПб., 1916).

Савабе то и дело сталкивался с иеромонахом Николаем в доме консула и всегда смотрел на него с такой ненавистью, что однажды тот не выдержал и спросил:

— За что ты на меня так сердишься? Последовал совершенно определенный ответ:

— Вас, иностранцев, нужно всех перебить. Вы пришли выглядывать нашу землю. А ты со своей проповедью всего больше повредишь Японии.

— А ты разве уже знаком с моим учением?

— Нет, — смутился японец.

— А разве справедливо судить, тем более осуждать кого-нибудь, не выслушавши его? Разве справедливо хулить то, чего не знаешь? Ты сначала выслушай да узнай, а потом и суди. Если мое учение будет худо, тогда и прогоняй нас отсюда. Тогда ты будешь справедлив.

— Ну, говори!

Слова иеромонаха Николая потрясли самурая. Он испросил дозволения встретиться с иеромонахом вновь и продолжить беседу. Через некоторое время отец Николай уже писал митрополиту Исидору: «Ходит ко мне один жрец древней религии изучать нашу веру. Если он не охладеет или не погибнет (от смертной казни за принятие христианства), то от него можно ждать многого».

В письме от 20 апреля 1865 года иеромонах Николай пишет: «Жрец с нетерпением ждет от меня крещения. Он хорошо образован, умен, красноречив и всею душою предан христианству. Единственная цель его жизни теперь — послужить отечеству распространением христианства, и мне приходится постоянно останавливать его просьбы из опасения, чтобы он не потерял го-лову, прежде чем успеет сделать что-либо для этой цели».

Об опасности положения Савабе позволяет судить следующий его рассказ: «Открыто читать эту книгу [Евангелие] я не мог, а читать хотелось. Вот я и выдумал читать ее в то время, когда совершал службы в своем мия [т. е. в языческом храме]. Положишь, бывало, перед собой Евангелие вместо языческого служебника, да и читаешь, постукивая в обычный барабан. Никто и не думал, что я читаю иностранную "ересь"».

Вскоре Савабе привел к иеромонаху Николаю своего друга, врача Сакаи Ацунори. Через некоторое время к ним присоединился третий друг — врач Урано. Японцы стали самостоятельно проводить катехизаторские беседы, и к весне 1868 года уже насчитывалось до 20 человек, готовых принять крещение.

В это время в Нагасаки вновь начались гонения на католиков, в Хакодате же прибыл новый чиновник. В апреле 1868 года иеромонах Николай тайно крестил трех друзей в своем кабинете, после чего, переждав ненастье, они покинули Хакодате. Это были Павел Савабе, Иоанн Сакаи и Иаков Урано. Именно тогда, за пять месяцев до наступления эпохи Мэйдзи, зародилась Японская Православная Церковь .

На Савабе тут же обрушились тяжкие испытания. Его жена сошла с ума и через несколько месяцев в припадке болезни сожгла собственный дом. Савабе так и не нашел прибежища и в скором времени вернулся в Хакодате. Теперь он не имел не только средств к пропитанию, но и крова. Тогда же,  в 1868 году, он был

заключен в темницу. Святитель Николай писал: «Перед моими глазами совершился процесс рождения человека к новой жизни благодатию Божиею, а за моими глазами начинался уже другой процесс — процесс испытания и укрепления сил новорожденного Павла». Восьмилетний его сын по наследственному праву стал жрецом той же кумирни, что давало ему средства кормить себя и больную мать. Позднее Павлу Савабе было дано утешение видеть и сына своего христианином. Испытания лишь укрепили ревность Павла, и в 1875 году он был рукоположен во священника. «Вторым христианином был у нас г-н Сакай Иоанн. Это был местный врач и близкий друг г-на Савабе, обращенного в христианство. Савабе старался склонить к тому же и своего друга, но Сакай был силен в диалектике, и трудно было победить его; тогда г-н Савабе стал почаще приглашать его ко мне, и мы вдвоем убеждали его. Наконец и г-н Сакай был крещен и даже посвящен в сан священника, в каковом сане скоро, по болезни, и скончался. Третьим христианином был г-н Урано Иаков, также бывший врач. За ним было совершено святое крещение в Хакодате над нынешним о. Иоанном Оно, а затем крестились и некоторые другие. Но означенные лица были главными из первых наших христиан. После того все более и более увеличивалось число принимающих святое крещение, и стала предвидеться возможность систематического распространения христианской веры в Японии. С этою именно целью, для получения на это официальных полномочий, я отправился на время в Россию и, получив там на это разрешение и благословение у Святейшего Синода, опять возвратился в Японию. По моем приезде, скоро меня навестил г-н Савабе и, между прочим, сообщил мне о странном, во время моего отсутствия из Японии, поведении г-на Сакая, который проводил все время в заботах о возможно большей выручке денег из своих занятий, тогда как остальные христиане старались, напротив, всем делиться со своими братьями. Услышав об этом, я хотел было обличить г-на Сакая, но с приходом последнего йело тотчас объяснилось. Явившись ко мне, г-н Сакай представил собранные им сто иен (около двухсот рублей), которые пожелал употребить на дела Церкви. Так разъяснилось недоумение г-на Савабе относительно странного, по-видимому, поведения г-на Сакая.

Другой, подобный по своей видимой странности, случай произошел с г-ном Томи Петром. В одно время все заметили его внезапное исчезновение куда-то. Никто не знал, куда он скрылся. Я спросил жену, но и она не знала, хотя ее лицо не выражало ни горя, ни даже особой озабоченности. Все это было весьма загадочно и продолжалось довольно долго. Но вот, спустя 11 дней после этого, однажды вечером, около одиннадцати часов, г-н Петр Томи является ко мне в сопровождении г-на Сакая. Вижу — худ до невероятности, кости сильно выдались на совершенно изменившемся в своем цвете лице; просто жалко было смотреть на него. На мои вопросы — где он был и почему так сильно исхудал, он ответил, что все это время он проводил в воздержании от сна и пищи и в молитве о скорейшем просвещении братьев-язычников тем светом истины, которого он сам недавно сподобился. Услышав обо всем этом, я был очень изумлен столь трогательным проявлением горячей верности по вере. Но все-таки я должен был заметить ему, что такое дело впредь нужно совершать согласно с установлениями Церкви, ибо иначе можно принести сильный вред своему здоровью».

В конце 1869 года иеромонах Николай, испросив отпуск, отправляется в Россию ходатайствовать перед Святейшим Синодом о разрешении открыть в Японии русскую духовную миссию.

В Россию иеромонах Николай приехал в феврале 1870 года. Его ходатайство было удовлетворено. 6 апреля 1870 года Александр II высочайше утвердил определение Святейшего Синода об учреждении в Японии русской духовной миссии в составе начальника миссии, трех иеромонахов-миссионеров и причетника. Половину намечаемых расходов брало на себя казначейство, другая половина была отнесена за счет типографского капитала духовного ведомства. Всего духовной миссии ассигновалось 6 тыс. рублей в год и 10 тыс. рублей единовременно. Миссионерские станы располагались в Токио, Киото, Нагасаки и Хакодате. Начальником миссии был назначен иеромонах Николай с возведением в сан архимандрита. Миссия подчинялась ведению Камчатского епископата. Обязанности миссионеров были изложены в «Инструкции для Миссии», представленной иеромонахом Николаем и утвержденной Синодом. Перед отъездом в Японию архимандрит Николай смог повидаться со стариком отцом.

В Хакодате он вернулся в марте 1871 года. Проповедь Евангелия продолжалась и в его отсутствие. В конце года архимандрит Николай крестил в Сендае одиннадцать человек.

В 1872 году в Хакодате прибыл иеромонах Анатолий (Тихай), кандидат Киевской Духовной академии. Архимандрит Николай отзывался о нем так: «Лучших помощников я не желал бы!» Он оставляет Хакодатскую церковь на о. Анатолия и 4 февраля 1872 года перебирается в Токио.