На этих основах была построена христианская философия науки, которая просуществовала веками, что само по себе достойно похвалы. Но даже у этого человеческого труда были недостатки, которые со временем становились всё более очевидными. Наука в том виде, в каком она практиковалась в Средние века, а затем и протестантами вплоть до XVIII века, страдала от односторонности и недостатков, которые не могли не способствовать её упадку. Во-первых, вера и разум, даже если поначалу они гармонично сосуществовали, вскоре были снова разделены - как если бы то и другое привносил в обсуждение свой набор истин. Утверждалось, что сверхъестественные истины должны приниматься на веру, в то время как естественные истины должны постигаться с помощью разума. В отношении первых требовалась только вера, а в отношении вторых - только знание. Это привело к тому, что некоторые стали считать, что их соответствующие истины могут существовать отдельно друг от друга, как если бы не было единой истины, так что то, что ложно в философии, может быть истинным в теологии, и наоборот. Но даже если люди, к счастью, в большинстве своём избегали этого последствия, такое сопоставление порождало соперничество, которое в конечном итоге привело либо к подавлению разума во имя откровения, либо к подавлению откровения во имя разума.

Второй недостаток заключается в том, что в то время наука часто растворялась в теологии, а теология - в догматике. В первые несколько веков после Рождества Христова именно философия способствовала развитию теологии. Выражение «философия - служанка теологии» само по себе не является оскорблением для философии, поскольку именно с помощью философии Божественная истина применяется в области науки. Но постепенно это стало пониматься в том смысле, что наука должна быть лишена свободы исследований и превращена в служанку теологии. Таким образом, злоупотребляя своей властью, теология незаконно расширяла свою территорию. Она не ограничивалась Богооткровенным знанием, но также охватывала научные области психологии, космологии и метафизики, стремилась дать ответы на все возможные вопросы и сформировать целостное мировоззрение.

К этому мы можем добавить и третий недостаток, а именно пренебрежение эмпирическими доказательствами. Сама по себе теория была основательной: ни протестанты, ни католики никогда не утверждали ничего, кроме того, что когнитивное знание начинается с чувственного восприятия. Когда Бэкон обращался к опыту как к источнику науки, он на самом деле не провозглашал ничего нового. Но, как это часто бывает, теория не полностью соответствовала практике. Наивное предположение заключалось в том, что древние уже в достаточной мере исчерпали все эмпирические данные, и поэтому схоласты пытались собрать все данные для различных наук только из этих источников, вместо того чтобы использовать новые источники знаний. Философия основывалась на трудах Аристотеля, медицина - на трудах Гиппократа, математика - на трудах Евклида, латинская грамматика - на трудах Доната, риторика - на трудах Квинтилиана, музыка - на трудах Боэция, а теология  на трудах Ломбардца. Наука превратилась в чистое книжное знание, и люди забыли наблюдать собственными глазами. Но мы не должны преувеличивать этот недостаток схоластов. Всё, что Бэкон применял в своих научных исследованиях, уже в той или иной степени применялось его современниками, такими как Тихо Браге, Кеплер, Галилей и другими. Поэтому Жозеф де Местр говорит, что Бэкон, провозглашая эти великие законы науки, ошибочно полагал, что он их изобрёл. Для всего есть своё время и место. Естественные науки в том виде, в каком мы их знаем, в прежние времена были невозможны по разным практическим и техническим причинам. Но, тем не менее, пренебрежение опытом было недостатком, который не мог не привести к разрушительным последствиям.

Реакция уже началась в переходный период между Средневековьем и Новым временем. Эта новая эра была открыта не только Реформацией, но и подъёмом свободного гражданского общества, эпохой Возрождения, пробуждением науки, открытием Америки, развитием торговли и мореплавания. Все эти явления и события имели свой особый характер, но все они были проявлениями освобождения от схоластики и иерархии. Все они проявляли стремление к свободе и признанию того, что является естественным, потому что то, что относится к естественному, действительно подавлялось в Средние века и не освящалось должным образом. Однако в конечном итоге оно было освобождено от оков и получило возможность занять своё законное место.

Однако среди всех этих важных событий Реформация выделяется своими ярко выраженными религиозными и этическими целями. Она не стремилась к освобождению человека, но боролась против Рима за свободу христиан. Тем не менее сила Ренессанса, возникшая независимо от него, но и вместе с ним, не позволила ему подчиниться принципам Реформации. Так случилось, что религиозная реформа была быстро остановлена на полпути и, к её собственному стыду, была вынуждена ограничиться Церковью и теологией, в то время как наука всё больше стремилась к идеалу независимости. Освобождение стало её движущей силой - сначала освобождение от Церкви и её конфессий, а затем и от христианства и самого Писания.

В настоящее время её благотворное влияние также осторожно ищут в этом самом разделении. Идея заключалась в том, что теология и наука могли мирно сосуществовать до тех пор, пока одна не мешала другой. Таким образом, вера должна была заниматься вопросами теологии и Церкви, а наука воздерживалась от нападок на устоявшиеся доктрины. В период после Реформации наука поначалу ни в коем случае не стремилась утвердиться на фундаменте неверия. Она оставила теологию в покое и опиралась на собственные метафизические и рационалистические догмы. Церковный раскол, проявившийся после Реформации, способствовал этому, поскольку побудил многих искать общую и универсальную истину в условиях неразберихи. В религии, морали и теории права совокупность рациональной истины впоследствии была возведена в ранг главного принципа и окончательного руководства. Затем теологическая фаза науки, согласно Конту, сменилась метафизической фазой. В то время как все реальности ранее интерпретировались как деяния личного Бога, люди пришли к вере в то, что Людвиг Штайн назвал бы «условным мышлением», которое причинно связывает все реальности с абстрактными сущностями и законами природы. Декарт предполагал существование неизменных и врождённых идей. Спиноза рассматривал весь космос как геометрическое явление, в котором один аспект как бы вытекает из другого. Лейбниц представлял Вселенную как гармоничное взаимодействие метафизических сил. Даже Французская революция носила ярко выраженный догматический характер и основывалась на идее абстракций как своего стандарта и ориентира.

Но этот рационалистический догматизм потерпел сокрушительное поражение от рук философа из Кёнигсберга Иммануила Канта. Чтобы освободить место для веры, он возвысил знание до уровня метафизики. Как и Бэкон, он предложил разделить веру и знание не только ради установления мира, но и в первую очередь из-за последствий, которые может иметь способность человека приобретать знания. Он ограничил знание в соответствии с этой способностью тем, что можно наблюдать с помощью органов чувств, но за этим скрывалась неизведанная земля - terra incognita, - которая даёт вере убежище или пристанище. Этот принцип и радикальное разделение со стороны Канта были основаны на недоказанном априоризме, а именно на том, что наша способность к познанию априори приводит к синтетическим суждениям и, таким образом, подразумевает общее и необходимое знание о феноменальном мире. В то время как Кант пренебрегал критикой и дуализмом, спекулятивная философия Фихте, Шеллинга и Гегеля заимствовала этот априоризм и опиралась на него. Если бы я сам мог быть творцом феноменологического мира, то не было бы никаких препятствий для того, чтобы возвысить этот принцип и применить его ко всей реальности. Теоретико-познавательный идеализм Канта был развит Фихте до этического идеализма и пантеизма, Шеллингом - до эстетического идеализма и пантеизма, а Гегелем - до логического идеализма или пантеизма.

То высокое значение, которое этот идеализм придаёт науке и университету, прослеживается не только в «Споре факультетов» Канта, в котором он утверждает, что только философский факультет может претендовать на обретение подлинной истины, но и в ещё более ясном «Плане высшего учебного заведения в Берлине», опубликованном Фихте в 1807 году. В нём он сформулировал идею о том, что университет не только является неотъемлемой частью национального образования, но и обязан обучать от науки к науке. Чтобы достичь этой цели, университет должен полностью абстрагироваться от повседневных забот населения и не отвлекаться на земную борьбу человека за выживание. Он должен быть полностью предан священному делу науки и в конечном счёте призван передавать научные знания от одного поколения к другому и готовить людей к тому, чтобы они занимались наукой. Таким образом, университеты должны быть не центрами образования, а скорее семинариями для будущих профессоров. Фихте хотел, чтобы превратила университет в центр всех знаний и фабрику по воплощению идеи обожествления человечества. Для него университет был «самым священным из всего, чем обладает человечество, видимым проявлением единства мира, проявлением самого Бога».

Нам повезло, что эта концепция науки и университета не применяется на практике. Берлинский университет, для которого Фихте разработал этот план, был учреждён совершенно иным образом. Автор его устава, Вильгельм фон Гумбольдт, не строил это учреждение по философским категориям, а, учитывая реалии, структурировал университет таким образом, чтобы он мог выпускать хороших служителей как церкви, так и государства. Более того, априорные конструкции немецкого идеализма также оказались большим разочарованием, когда дело дошло до решения практических жизненных задач. В то же время зародилось историческое движение, которое стремилось с новой силой объяснить природные явления и в своём стремлении быть в высшей степени практичным заставило замолчать всю метафизику, теологию и философию, отстаивая исключительное превосходство индуктивного метода. В Германии, поскольку существовало отвращение к материализму, также произошёл возврат к критике Канта. Во Франции философия Виктора Кузена уступила место философии Огюста Конта. В Англии Джон Стюарт Милль выступал за строгий эмпиризм, и постепенно область науки была осмыслена как единственная для тех, кто способен постичь абсолютную истину, и он хвастался тем, что свободен от любых предпосылок.