В 1865 году все русские Миссии, действовавшие до этого самостоятельно, получили верховное объединенное управление в виде вновь учрежденного в Петербурге “Миссионерского общества.” Оно состояло под Высочайшим покровительством супруги императора Александра II, императрицы Марии Александровны.

По ее рекомендации председателем Общества стал митроп. Московский Иннокентий. В 1869 году был утвержден новый устав Общества, по которому оно было подчинено Синоду и, к прискорбию, ограничено в своей деятельности лишь содействием материальному благосостоянию отдельных миссий, без вмешательства в дела управления различными сторонами их деятельности.

Для непосредственного попечения о миссиях были заведены епархиальные комитеты Общества под председательством местных архиереев. С учреждением Миссионерского общества деятельность всех миссий оживилась и расширилась.