По предложению митр. Филофея Тобольского, с согласия богдыхана, в 1715 году была отправлена первая русская миссия в Пекин. Она состояла из 10 человек под начальством архим. Илариона (Лежайского). Богдыхан принял ее благосклонно, дал содержание и позволил совершать богослужение в каменной церкви при Русской роте.

В 1721 году туда был направлен даже епископ, св. Иннокентий, но он не был пропущен в Китай.

Трактатом России с Китаем 1728 года содержание миссии было отнесено на счет русского правительства. Состав миссии определили в 10 человек (4 духовных и 6 светских) с заменой каждые 7 лет. В своей деятельности она ограничивалась пределами русской паствы, не занимаясь пропагандой и политикой (в отличие от западных миссий), чем заслужила полное доверие подозрительных китайцев. Долгое время миссия служила удобной посредницей в дипломатических отношениях между Россией и Китаем.

В 1805 году для Русской православной миссии в Китае были учреждены новые штаты и срок пребывания ее членов в Китае продлен с 7 до 10 лет.

В этом же году начальником миссии был назначен архим. Иакинф (Бичурин). Пробыв в Пекине более 14 лет, он досконально изучил китайский язык, историю страны, ее нравы и обычаи.

По Айгунскому трактату 1858 года китайское правительство дало миссии полную свободу действий и обязалось не преследовать своих подданных за принятие христианства.

Со времени открытия Русской Дипломатической Миссии в 1861 году Духовная Миссия, осуществлявшая до этого дипломатические сношения с Китаем, полностью отдала свои силы непосредственной миссионерской деятельности. Усилилась ученая и переводческая работа. Оживилась проповедь на китайском языке и преподавание в местной миссионерской школе. Паства Миссии резко возросла. В 1885 году имелись две церкви в Пекине, храм на юге Китая, в Ханькоу, и храм в деревне Дун-Дуньань.

Из среды членов пекинской миссии вышли многие авторитетные синологи. В последние десятилетия XIX и первые XX века начальником миссии были:

1) архим. Флавиан (Городецкий) (с 1885 года епископ Люблинский, впоследствии митроп. Киевский, и

2) архим. Иннокентий (Фигуровский) (с 1896 года), возведенный в 1902 году в епископа Переяславского. Он скончался в Пекине в сане митрополита в тридцатых годах нынешнего столетия.