Успехи латинства вызвали реакцию сопротивления и со стороны стесненной униатской церкви. В 1803 униатский епископ Ираклий Лисовский отправил в Петербург прот. Иоанна Красовского с представлением государю о крайне униженном и трагичном положении своей паствы. Представление произвело впечатление, и в том же году был издан указ, запрещавший совращение униатов в католичество.

В следующем году в состав Католической коллегии при Синоде был введен один униатский епископ и три униатских асессора. В 1805 году сама Коллегия была разделена на два департамента – католический и униатский. Председателем униатского был назначен Лисовский (в 1806 году он был возведен в сан митрополита).

После смерти Лисовского (1809) униатской митрополией последовательно управляли луцкий епископ Григорий Коханович и (с 1814) полоцкий архиепископ Иоанн Красовский, продолжатели церковной политики Лисовского.

В 1817 году митрополитом был поставлен Иоасафат Булгак, епископ Брестский, католических симпатий. Но благодаря его предшественникам в среде белого духовенства успели воспитаться новые деятели, в значительной мере благодаря которым и произошло воссоединение униатов с Русской Церковью. Это – Иосиф Семашко, Василий Лужинский и Антоний Зубко.

В 1822 году прот. Семашко был назначен присутствовать в униатском департаменте Католической коллегии. В 1827 году он представил государю записку, в которой, изложив историю унии и дальние цели Рима, предлагал:

а) вместо департамента открыть особую униатскую Коллегию,

6) вместо четырех оставить только две униатские епархии (Белорусскую и Литовскую),

в) улучшить содержание духовных школ и прекратить обучение униатской молодежи в католических школах,

г) воспретить совращение униатов в латинство,

д) сократить число базилианских монастырей и упорядочить их администрацию.

В апреле 1828 года Униатская коллегия, поставившая униатскую церковь в независимое от католичества положение, была учреждена. Членами ее были назначены Семашко, Лужинский (ректор полоцкой униатской академии, доктор богословия) и Зубко (профессор той же академии). Последовало закрытие нескольких базилианских монастырей, униатской семинарии в Жировицах и нескольких духовных училищ.

Иосиф Семашко был посвящен во епископа Мстиславского, помощника Полоцкого епископа, и назначен председателем белорусской Консистории, с оставлением членства в Коллегии.

Дальнейшему развитию событий способствовало польское восстание 1830–32 гг., в котором ксендзы и базилиане принимали прямое участие. Было закрыто еще несколько базилианских монастырей, часть из них передана православным, в том числе и Почаевский монастырь.

Согласно прежней записке Семашко, оставлены только две епархии. На Литовскую поставлен сам Иосиф, а Белорусскую вверили митроп. Иоасафату Булгаку. Через некоторое время для них были посвящены викарии: Антоний Зубко – епископом Брестским, в помощь Иосифу, и Василий Лужинский – епископом Оршанским, в помощь Иоасафату.

В 1834 году последовало правительственное секретное распоряжение действовать (в деле присоединения униатов) осторожно и неторопливо. Униатским епископам предписано усиленно очищать свою церковь от католических обрядов. По всем униатским церквам были разосланы служебники московской печати.

В 1835 году епископ Иосиф был назначен членом секретного комитета для руководства процессом воссоединения и членом Комиссии духовных училищ, которой подчинялись все униатские учебные заведения.

В начале 1837 года заведывание делами униатской церкви было передано из министерства внутренних дел обер-прокурору Синода.

В 1838 году скончались митроп. Иоасафат и единомысленный с ним епископ Пинский Жарский. Председателем Униатской коллегии стал владыка Иосиф. Епископ Василий получил Белорусскую епархию. К этому времени интенсивная (тайная) подготовка духовенства к воссоединению была закончена. Не дали подписки о воссоединении только около ста священников Белорусской епархии.

12 февраля 1839 года Собор униатских архиереев и высшего духовенства, собравшийся в неделю Православия в Полоцке, составил торжественный акт о присоединении униатской церкви к Православной и прошение на имя государя с 1305 подписями духовных лиц.

25 марта на этом прошении Николай I написал: “Благодарю Бога и принимаю.”

Вместе с пастырями к Православию присоединилось и все полутора миллионное население упомянутых епархий. Прошли торжественные совместные богослужения в Витебске, Орше, Полоцке, Вильне. В память воссоединения была выбита медаль с надписью: на одной стороне – “Отторженные насилием (1596) воссоединены любовью,” а на другой, под ликом Спасителя на убрусе, – “Такова имамы Первосвященника.”

Бывшие униатские архиереи получили православные епархии западного края:

Иосиф стал архиепископом Литовским, Василий – епископом Полоцким, Антоний – епископом Минским и Бобруйским.

Вначале владыка Иосиф поселился в Жировицком монастыре, но в 1844 году переехал в Вильну и перевел туда литовское епархиальное управление вместе с семинарией. Его забота о просвещении народа выразилась в открытии более 200 церковно-приходских школ и других училищ.

После воссоединения униатов Белоруссии и Литвы уния еще оставалась в Привислинском крае, в униатской Холмской епархии. Главным деятелем по подготовке к воссоединению здесь стал протоиерей Маркелл Поппель, назначенный администратором епархии (после удаления местных епископов).

В 1874 году в одной Седлецкой губернии к Православию присоединилось до 50.000 униатов. 18 февраля того же года в Холме состоялся собор духовенства и был составлен акт о воссоединении всей Холмской епархии. 11 мая последовало само торжество воссоединения. В этом же году Маркелл был посвящен во епископа Люблинского, викария православной Варшавской епархии, с кафедрой в Холме.

Уния теперь осталась только в отторженном от России древнерусском крае – Галиции – которым, после раздела Польши в XVIII веке владела Австро-Венгрия.

В 1840–41 годах в Православие, вместе с униатами, обратилось и 20.000 католиков, в 1863 году – еще 50.000. Еще более частыми стали обращения в Православие из католичества после Ватиканского собора 1870 года, провозгласившего догмат о непогрешимости пап.