Грузинская Церковь еще с XVI века неизменно пользовалась попечением России, и в политическом и в церковном отношении. В периоде 1723 по 1744 годы Россия принимала у себя многочисленных эмигрантов из Грузии, особенно страдавшей от турок и персов.

В 1737 году по просьбе царевича Бакара в Москве были напечатаны на грузинском языке богослужебные книги и Библия. Книги исправлялись архим. Афанасием, а Библия – по еврейскому, сирийскому и славянскому текстам – архиеп. Иосифом (Самабелли).

И тем не менее... Православие, некогда распространенное между кавказскими племенами, к рассматриваемому времени давно было подавлено язычеством и мусульманством со стороны Персии и Турции.

В 1746 году Синод послал к осетинам миссию в составе грузина архим. Пахомия и двух игуменов, всех знавших местные языки и нравы. До 1767 года они крестили более 2.000 осетин.

В 1755 году, ища защиты в Москву прибыл изгнанный из Грузии Экзарх Антоний. После испытания в вере, Синод назначил его в 1757 году архиепископом Владимирским, в сане каковом он и скончался в 1762 году. Он перевел для грузин много полезных русских духовных книг. В 1771 году Синод посылает новую миссию, в основном из русских, во главе с ученым прот. Лебедевым. Они были снабжены подробной инструкцией о тактике деятельности. За 20 лет эта миссия обратила в христианство 6.000 осетин.

Но многочисленные проповедники ислама возбудили в горцах фанатичную ненависть к России. Между чеченцами явился шах Мансур с именем пророка, и они понесли смерть и опустошение христианам. Для противодействия мусульманам в 1789 году грузин Гай (Токаов) был поставлен епископом Моздокским, викарием астраханского епископа, с возложением на него обязанности надзора за осетинской миссией, но в 1799 году он был переведен в Саратов. Под усиленной мусульманской пропагандой успехи Православия на Кавказе были ощутимо ослаблены.

В 1814 году правительство решило восстановить Осетинскую миссию. В ее состав были определены 24 человека под началом Телавского архиепископа Досифея. На ее содержание из казны отпускалось 14.700 рублей. За три года миссия обратила более 6.000 осетин. В 1816 году правительство отпустило средства на строение и возобновление церквей.  Еще более оживилось миссионерское дело после 1817 года, когда в нем принял участие экзарх Грузии митроп. Феофилакт (Русанов). Число обращенных при нем из разных племен дошло до 47.000. Церквей построено 40, для одних осетин – 29.

Его преемник, экзарх Иона (Василевский), продолжал это дело. К 1823 году осетины были обращены почти все. Число обращенных из других племен дошло до 60.900. Они образовали 67 приходов. В 1840–50 годах обращались в христианство до 2.000 человек в год.

Сильное противодействие христианизации кавказцев оказали т. н. мюридисты, объединившие в 1834 году всю восточную группу кавказских племен. Появился у них и крупный вождь, имам Шамиль. В 1857 году наместник Кавказа князь А. Барятинский начал планомерное наступление на Шамиля в горах Дагестана. В 1859 году Шамиль сдался и был увезен в Россию. Черкесам, вытесненным к черноморскому побережью, было предложено либо поселиться в указанных местах, либо уехать в Турцию. Около 200.000 выехало, остальные покорились.

В 1860 году было открыто “Общество восстановления христианства на Кавказе.” В его распоряжение были отданы все суммы бывшей осетинской миссии (сначала оно имело светский характер и возглавлялось Наместником, затем, в 1865 году, при нем был открыт Духовный комитет под председательством Экзарха Грузии, а в 1885 году, по новому уставу, общество было полностью вверено Экзарху и подчинено Синоду).

Задачами Общества были:

1. Восстановление, умножение и содержание православных храмов, назначение к ним и содержание причтов.

2. Заведение школ для образования детей горцев.

3. Организация в духовных школах преподавания горских языков.

4. Миссионерская деятельность в горных поселениях.

5. Содействие переводам на горские языки Священного Писания и богослужебных книг.

Деятельность Общества оказалась успешной. К 1870 году на грузинский и осетинский языки было переведено все, нужное для православного богослужения. Подготовлены в семинариях и даже в Академиях кандидаты на священнические места.

В 1880 году Общество имело 40 народных школ. Учительская семинария в Тифлисе была открыта еще в 1868 году. Помимо храмов на Кавказе были основаны два известных до нашего времени монастыря – в Пицунде и Ново-Афонский, недалеко от Сухуми на берегу Черного моря.

Грузинская (Иверская) Церковь находилась в ведении Синода с 1783 года. Ее католикос Антоний II, брат последнего царя Георгия, с 1795 года управлявший также духовными делами в Имеретии, Мингрелии и Гурии, был членом Синода. В 1801 году Грузия вошла в состав Российской империи, в последующих годах к России присоединились и другие племенные объединения Кавказа. В 1811 году был Высочайше утвержден доклад Синода об образовании из тринадцати кавказских епархий двух: Мцхетско-Карталинской и Алавердско-Кахетинской.

Мцхетскому митрополиту усвоялся титул Экзарха Священного Синода. Первым Экзархом был архиеп. Варлаам (князь Эристов), затем, с 1817 года, – владыка Феофилакт (Русанов). В 1814 году в Тифлисе была учреждена Грузино-Имеретинская Синодальная контора под председательством Экзарха.

В 1818 году по его представлению было преобразовано церковное устройство Грузии. Вводились русские церковные порядки, была открыта семинария в Тифлисе и приходские училища в нескольких городах. Экзарх, управлявший Карталинской и Кахетинской епархией, имел викарных епископов – Горийского и Алавердского. Существовали еще Имеретинская, Гурийско-Мингрельская и Сухумская епархии Экзархата.