Первые ростки Православия в Японии появились в 1860 году, когда иеромонах русского консульства в Хокадате Николай (Касаткин), изучив язык, верования и нравы японцев, принялся за переводы священных и богослужебных книг на японский язык.

Первым обращенным был жрец одной кумирни Павел Сваабе, ставший после обращения пламенным и самоотверженным проповедником христианства. Он, в свою очередь, обратил к вере японцев Якова Урано и Иоанна Сакай.

Своей живейшей проповедью эти три человека настолько подготовили почву для Православия, что уже в 1869 году отец Николай испросил у Синода разрешение на устройство миссии. Разрешение было получено, и начальником миссии был поставлен сам о. Николай с возведением его в сан архимандрита и подчинением Камчатскому архиерею.

В 1871 году в Хокодате и Токио (1872) заведены были миссионерские школы, давшие новых проповедников-катехизаторов. В 1875 году камчатским архиереем были посвящены первые священники из японцев – Николай Сваабе и Иоанн Сакай.

В 1880 году о. Николай был рукоположен во епископа Японского. В 1895 году Японская Церковь насчитывала 220 общин и свыше 22.500 членов. Их обслуживали 28 священников. Школа в Токио была преобразована в семинарию и в 1882 году сделала первый выпуск. В 1889 году двое выпускников были направлены в русские духовные Академии. Имелись также школы: катехизаторская, причетническая, женская и несколько низших училищ.

Миссия развила интенсивную переводческую деятельность, издавала три духовных журнала. Богослужение совершалось на японском языке. Материальную помощь миссии оказывал Синод. Труды миссии облегчились провозглашением в Японии в 1889 году полной свободы веры.