Христианство проникло в Японию с первыми европейцами в XVI веке. Его первыми носителями были католики португальцы (впервые появились в 1542 году), испанцы (в 1584), голландцы (в 1600). Во второй половине XVI века началась активная проповедь христианства среди японского населения. Во главе католической миссии стоял иезуит Франциск Ксавье, прибывший в страну в 1549 году. Несколькими годами позже свою деятельность по распространению христианства начали и протестанты. Проповедь оказалась весьма успешной. К концу XVI века в Японии уже насчитывалось около 200 ООО христиан и 200 церквей. Естественно, эта христиане были католиками и протестантами, так как православных проповедников в Японии не было. К началу XVII века христиан было уже около 750 000 1 000 000 человек при том, что население тогда составляло 7 ООО 000 человек[4]. Это было время наивысшего расцвета христианского учения. Однако вскоре обстановка коренным образом изменилась. Считается, что это произошло из‑за слишком ак, тивной, можно даже сказать агрессивной, деятельности иезуитов, которые распространяли христианство не очень христианскими методами, вмешивались в дела светского управления. Они подстрекали японцев к разрушению языческих идолов, устраивали гонения на бонз. Известны случаи, когда обращенные в христианство удельные князья выдвигали своим подданным такой ультиматум: либо принять христианство, либо покинуть территорию княжества. Постоянное выяснение отношений между католиками и протестантами тоже не способствовало повышению престижа христианства.

Еще в 1587 году правительством был принят указ об изгнании из Японии христианских» миссий, однако он по существу игнорировался. В 1611–14 годах были приняты новые указы, всех христиан–католиков силой посадили на суда и выслали из Японии. Начался период закрытости страны, который продолжался вплоть до 1853 года. Единственными европейцами, которые имели право торговать с Японией, были голландцы, но они жили в строго ограниченных местах, ни о какой проповеди христианства не могло быть и речи. Христиане в те времена жестоко преследовались, их пытали сжигали, распинали на крестах. Церкви разрушались. К концу XVII века христианство было искоренено. Те японцы, которые не пожелали изменить своей вере, вынуждены были бежать в Китай (в частности на Тайвань) и Филиппины.

Следующий этап истории начался с насильственным открытием Японии американской эскадрой коммодора Перри в 1854 году. Возобновились контакты с иностранцами, снова, хотя пока еще незаконно началась миссионерская деятельность. В июле 1858 года был заключен новый договор с Россией, предусматривавший установление дипломатических отношений. Первым консулом стал И. Гошкевич, автор первого японско–русского словаря. По его инициативе на консульские средства в 1859 году при Российском консульстве в Хакодате была построена церковь Воскресения Христова, первая православная церковь в Японии. Она была выполнена в русско–византийском стиле, имела форму креста и вмещала до двухсот человек. Также была построена колокольня с четырьмя колоколами (к сожалению, во время Великого пожара в Хакодате в 1907 году церковь была разрушена. На ее месте позже построили новое, каменное, здание). Первым священником Воскресенской церкви стал флот–ский протоиерей Василий Махов. Однако он, прослужил не более года. В 1860 г. Гошкевич через министерство иностранных дел обратился в Священный Синод с просьбой прислать на место Махова человека с академическим образованием. Этим человеком стал студент Санкт–Петербургской духовной академии Иван Касаткин..