Русско–японская война стала временем испытаний для миссии. Еще за несколько лет до начала войны японская печать Стала сеять нетерпимость по отношению к России. Православных японцев называли предателями, миссию обвиняли в тайных политических связях с русским правительством, требовали смерти преосвященного Николая. Многие убеждали его уехать, но он не согласился покинуть свою паству. Во время войны он был единственным свободным русским в стране.

Православным японцам еп. Николай благословил молиться о даровании победы их императору, понимая, что они должны быть верными сынами своей родины. Однако сам он во время войны не участвовал в общественных богослужениях, говоря: «Я как русский подданный не могу молиться о победе Японии»[44]. Не читал владыка в это время и газет, полных насмешек над Россией. Гостей в миссии не было, на улицу еп. Николай, почти не выходил, хотя и был уверен, что вражды к нему у уличной толпы нет. Он говорил, что, кто бы ни победил, ему «одинаково больно узнать о. сотнях смертей. Я молюсь об одном, чтобы война как можно скорее кончилась»[45].

В годы войны основной заботой епископа Николая были военнопленные: Он специально рукоположил несколько священников и направил их в лагеря, где содержались русские солдаты и офицеры, для совершения там богослужений; под его руководством также было создано «Общество духовного утешения военнопленных», члены которого, православные японцы, занимались благотворительностью. Епископ собирал пожертвования в пользу раненых, снабжал оказавшихся в плену книгами, иконами, нательными крестами, сам навещал их. Сохранилось письмо к нему от пленных из Химэдзи, в котором они благодарят епископа за присланные к Пасхе свечи, книги и крестики: «Впереди же этих Св. Книг мы еще имели счастье получить крестики серебряные (со шнурками), и вот все это поднимает наш дух, что нас не оставляют и в чужой стороне…»[46]

После войны православной Миссией были воздвигнуты храмы–памятники на местах братских могил русских. Особенно знаменит храм в Мацуяма.

Стойкость и мужество епископа Николая вызвали уважение обеих воевавших сторон. Воскресенский собор все время охранялся полицией, как и другие здания миссии. А в 1906 году владыка Николай «ввиду его выдающихся трудов по насаждению и распространению Православия в Японии и за его христианское подвижничество во время минувшей войны» был рукоположен в сан архиепископа, с прибавлением слова «Японский». Он был награжден бриллиантовым крестом на клобуке и орденом св: Александра Невского с бриллиантами^ Санкт–Петербургская духовная академия присвоила ему степень кандидата богословия и избрала его своим почетным членом.