С окончанием Второй мировой войны, 27 марта 1946г., Консисторией ЯПЦ и епископом Николаем Оно было подано новому Святейшему Патриарху, Алексию, прошение о воссоединении с Матерью Русской Церковью. Распоряжением Патриарха от 3 апреля 1946 г. воссоединение было признано состоявшимся, и для урегулирования юридической стороны в Японию в качестве полномочных представителей МП были'посланы два епископа Борис (Вик) и Сергий (Ларин). Однако дальше Владивостока они проехать не смогли, так как американские оккупационные власти не выдали им виз на въезд в страну.

Вину за раскол Японской Православной Церкви, произошедший после Второй мировой войны, принято возлагать на штаб американских оккупационных властей под командованием генерала Макартура. Это справедливо, хотя и нельзя не признать, что некоторые верующие еще до войны были готовы к тому, чтобы уйти из юрисдикции РПЦ. В любом случае положение ЯПЦ после войны было критическим: множество храмов разрушено, финансовой помощи ждать неоткуда. И ЯПЦ пришлось обратиться за помощью к американским властям. Те посчитали себя вправе диктовать Японской Церкви свои услойия.

На рад членов Консистории быЛо оказано давление, и в результате группа японских клириков во главе с Токуоку У зава добилась созыва Внеочередного Собора Японской Церкви, который состоялся в Токио 56 апреля 1946 г. На нем было принято решение о подчинении японских православных приходов Американской Митрополии РПЦЗ. Постановление Собора гласило: «ЯПЦ для восстановления церковной деятельности, возобновления проповеди, образования священнослужителей полагается на руководство и помощь Американской Православной Церкви при посредничестве главного штаба союзных держав»[59]. Тут необходимо объяснить, что бывшая СевероАмериканская епархия РПЦ в 1924 году самовольно вышла из юрисдикции Московского Патриархата и объявила себя самоуправляемой Церковью, а с 1935 стала Американской Митрополией РПЦЗ то есть с Московской Патриархией она не имела канонических отношений. Таким образом, Японская Церковь оказалась отделенной от РПЦ. Епископ Николай Оно ушел на покой.

При посредничестве генерала Макартура митрополитом Феофилом (Пашковским), тогдашним главой Американской Митрополии РПЦЗ (а значит, согласно Постановлению Собора, и главой ЯПЦ), в Японию в январе 1947 г. был направлен епископ Питтсбургский Вениамин (Басалыга), остававшийся фактическим руководителем ЯПЦ вплоть до 1953 года.

Часть японского духовенства и верующих не признали решений Собора и образовали свою собственную Истинную Православную Церковь, по–прежнему считая себя частью РПЦ Московского Патриархата. Лидерами этой группьГстали епископ Николай Оно (в 1954 г., однако, вернувшийся в ЯПЦ) и. протоиерей Антоний Такай. Поначалу богослужения их проходили в здании Пушкинской школы (неподалеку. от «Николай–до»), где учились дети русских эмигрантов. Позже верующие переместились в отдельное здание в районе Синдзюку. Вообще материальное положение

Истинной Православной Церкви было очень сложным, т. к. все имущество ЯПЦ оказалось зарегистрированным на имя епископа Вениамина.

Только в середине 50–х годов Истинной Православной Церкви Такай удалось наладить отношения с. РПЦ. В 1957 году Синод РПЦ признал группу Такай Истинной Японской Православной Церковью и организовал на ее основе Благочиние РПЦ в Японии. Таким образом, после Внеочередного Собора 5–6 апреля 1946 г. произошло разделение Японской Православной Церкви на два. крыла: непосредственно ЯПЦ (часто именуемая «группа «Николай–до» по названию Токийского Кафедрального собора) вышла из юрисдикции РПЦ и стала епархией Американской Митрополии РПЦЗ, а немногочисленная часть верующих, сочувственно относившихся к Советскому Союзу, образовала верные МП приходы, назвав себя Истинной Православной Церковью. На протяжении двух с лишним послевоенных десятилетий сохранялось это явное, юридически закрепленное деление на группы проамериканской и просоветской ориентации.