Первый вариант — некоммерческая организация может сама зарабатывать деньги: оказывать услуги, продавать товары.

Так делают довольно многие. Конечно, мало кто живёт исключительно на эти деньги, но сама по себе такая модель совершенно нормальна.

Например, университеты могут быть некоммерческими организациями и при этом брать деньги за обучение. Театры, мастерские и множество других организаций тоже могут быть некоммерческими по своей юридической форме и при этом вести платную деятельность.

Главное отличие коммерческой организации от некоммерческой в том, что коммерческая создаётся ради получения прибыли её владельцами, а некоммерческая — ради определённой деятельности. Обогащение создателей не является её целью.

Это, пожалуй, самый понятный вариант.

У нас, кстати, тоже есть идея когда-нибудь открыть благотворительный магазин и что-нибудь там продавать. Но пока это только план — случится это явно не завтра.