Отец Иоанн, служивший в Афинах в храме Богородицы Ро́мви[62], был прекрасным духовником. Когда он исповедовал, особенно после служения Божественной литургии, его слова бывали росой для сожжённых сердец согрешивших людей. Они говорили друг другу: «Исповедуйся отцу Иоанну, лучше всего после литургии, и найдёшь покой».

Даже один известный святогорский монах, созерцатель и духовный писатель, признавал за отцом Иоанном дар духовничества.