Когда в VII веке исламская буря обрушилась на древние христианские византийские области Палестины, Сирии, Египта и Северной Африки, докатившись до самых врат Константинополя, большинство христиан в этих землях уже порвало связи с имперской Православной Церковью. Египет с середины V в. был почти полностью монофизитским; то же надо сказать об армянских регионах на востоке Малой Азии и по крайней мере о половине населения Сирии. Усилия Юстиниана и позже догматические компромиссы Ираклия и его монофелитских преемников не привели к религиозному объединению империи. Более того, раскол, начавшийся спором между грекоязычными богословами о правильном определении личности Иисуса Христа, развернулся в культурный, этнический и политический антагонизм. На Ближнем Востоке халкидонское православие было к тому времени представлено почти исключительно греками, лояльными к империи, тогда как общины коренных жителей — коптов, сирийцев и армян — отказывались принимать веру Халкидонского собора и возмущались грубыми попытками императорской власти изгнать их вождей и силой навязать религиозное согласие.

Монофизитский раскол, за которым последовало арабское вторжение, чей успех отчасти был обязан раздорам меж христианами, оставил Константинопольского патриарха одного быть главным представителем восточного христианства в границах империи. Конечно, в Александрии, Антиохии и особенно в Иерусалиме оставалось небольшое число православных (или «мельхитов», т. е. «роялистов»), возглавляемых своими патриархатами, но они имели мало влияния во Вселенской Церкви. В течение долгих веков исламской оккупации для них главной проблемой было выживание, и решалась она преимущественно поиском и получением культурной, моральной и материальной помощи из Константинополя.

Уменьшенная до размеров восточной Малой Азии, южных Балкан и южной Италии, Византийская империя нашла силы для успешного противостояния исламу. Но во время этой борьбы, в период между 726 и 843 гг., византийские христиане пережили тяжелый кризис, во многом сформировавший облик средневекового византийского христианства — кризис иконоборчества, окончившийся торжеством православного иконопочитания.

Догматическую, философскую и богословскую почву византийского иконоборчества невозможно свести к простой схеме. Отвращение к употреблению образов и преклонению перед ними в богослужении восходит к запрету любого изображения Бога в Ветхом Завете. Иконоборчество находилось в согласии и со своего рода платоническим спиритуализмом, популярным среди христиан-греков, чем объясняется существование враждебного образам течения в раннем христианстве. Однако несомненно, что иконоборческое движение VIII века началось по инициативе императоров и имело политический смысл в рамках борьбы империи против ислама. В самом деле, убеждение в абсолютной трансцендентности и невидимости Бога и резкая полемика против христианского «идолопоклонства» составляли существенную часть мусульманской антивизантийской пропаганды. Императоры Лев III (717-741) и Константин V (741-775), покровители иконоборчества, решили «очистить» христианскую Церковь от «идолопоклонства», чтобы успешнее бороться с исламской идеологией.

Как только по распоряжению Льва III (начиная с 726 г.) иконы Христа, Богородицы и святых начали удалять из публичных мест и церквей, патриарх Герман (715-730) и папа Григорий II (715-731) встали на защиту почитания икон, а живший в завоеванной мусульманами области богослов Иоанн Дамаскин написал трактаты, направленные против иконоборчества. Аргументация защитников иконопочитания заключалась в том, что хотя Бог невидим по природе, Его можно и нужно изображать в Его человеческом естестве — как Иисуса Христа. С точки зрения православных, иконоборчество было равносильно отрицанию Боговоплощения. Иконоборческий собор, созванный императором Константином V в 754 г., ответил на это, что изображение Христа в Его человеческой природе означает или отрицание Его Божества, которое неотделимо от Его человечества, или несторианское рассечение Его единого Лица на два существа. Споры продолжались — главным образом на этих христологических основаниях — более столетия. Иконоборческие гонения были жестокими, и православные числят много мучеников той поры. Кроме Иоанна Дамаскина, почитание икон защищали два крупных византийских богослова — Феодор Студит (759-826) и патриарх Никифор (806-815). Народная поддержка иконопочитания направлялась влиятельными и многочисленными монашескими общинами, которые мужественно встретили гнев императора. Наконец, в 787 г. императрица Ирина собрала Седьмой Вселенский собор (известный также как Второй Никейский), который осудил иконоборчество и подтвердилпочитание(προσκύνησις) икон, четко отличая его отпоклонения(λατρ€ΐα), которое подобает одному Богу. После вторичного подъема иконоборчества последовало окончательное «Торжество Православия» в 843 г.

Последствия этого кризиса носили как богословский, так и культурный характер. На православном Востоке образы были навсегда признаны главными средствами богообщения, так что искусство, богословие и духовность оказались неразрывно связаны друг с другом. В то же время борьба за иконы укрепила авторитет монашества, получившего большее, чем в предшествующие столетия, признание в качестве действенного противовеса в византийском обществе произволу императорской власти. Но в то же время иконоборческий кризис способствовал отчуждению между восточной и западной половинами христианского мира. Поглощенные борьбой с исламом, императоры-иконоборцы небрегли своей властью и влиянием в Италии. Более того, в отместку за противодействие пап их религиозной политике они передали Иллирик, Сицилию и южную Италию из папской юрисдикции в константинопольскую. Униженный и брошенный своими традиционными покровителями, в страхе перед лангобардским вторжением, папа Стефан II встретил короля франков Пепина Короткого в Понтионе (754 г.), признал его покровительство и добился его помощи в создании папского государства в Италии, составленного из прежних византийских территорий.