В годы Второй мировой войны, когда Албанию оккупировала фашистская Италия, а затем гитлеровская Германия, многие священнослужители молодой Автокефальной Православной Церкви приняли непосредственное участие в борьбе с захватчиками. Активнейшим участником в национально–освободительном движении был архимандрит Паисий (Водица).

После изгнания оккупантов народ Албании занялся мирным созидательным трудом. Церковь получила полную свободу и возможность устраивать свою внутреннюю жизнь согласно вероучению И канонам. Но не надолго…