Византийские императоры издавна принимали большое участие в церковных делах и имели сильное влияние на представителей церковной власти — патриархов. Однако патриархи, имевшие кафедры в странах, не входивших в состав империи, не находились под влиянием императоров, кроме тех случаев, когда они проживали в Константинополе. Патриархи же Константинопольские испытывали большие притеснения от императоров, главным образом от их участия в избрании и низложении патриархов. Избрание и низложение полностью зависело от императоров, а духовенство при этом имело второстепенное значение. Порядок избрания патриархов был такой. Епископы, составлявшие поместный собор или синод, избирали трех кандидатов, писали их имена на бумажках и тянули жребий. Но так как в синоде председательствовал император, то дело избрания направлялось так, чтобы жребий пал именно на лицо, угодное императору. Избирая кандидата на патриаршую кафедру, императоры не обращали внимание на достоинства и способности избираемых; им было нужно иметь на кафедре полностью преданных им людей, не способных оказывать какое-либо противодействие. Один византийский историк (Георгий Акрополит), говоря об избрании преемника патриарху Мануилу в середине 13-го века, делает такое замечание: "цари вообще хотят, чтобы патриархами были люди смиренные, недалекие по уму, которые бы легко уступали их желаниям, как признанным постановлениям". Другой историк (Никифор Григора) 14-го века дает такое же точно свидетельство. Например, при Андронике II Палеологе (около 1320 г.) патриархом был избран Герасим, седой старик, потерявший слух, абсолютно необразованный, который был послушным орудием царя. Цари,— говорит историк, — на такие высокие места и выбирают таких людей, которые беспрекословно подчиняются их приказам, как рабы, и не оказывают никакого противодействия. А Иоанн Кантакузен, соправитель Андроника III младшего, употребил следующую хитрость при избрании в патриархи священника своей домашней церкви, Иоанна Калекаса. Члены синода не соглашались избрать его; Кантакузен уговорил их поставить его архиепископом; когда же те согласились, он потребовал, чтобы избрали его в патриархи, так как он, как и все епископы, имеет право на занятие патриаршей кафедры. Если патриарх был неугоден императору, то последний всегда имел возможность низвергнуть его. В таких случаях императоры прибегали к интригам, добавляя доносы и обвинения (обыкновенно несправедливые) и заставляли архиереев произносить осуждение на них и низлагать. Таким образом, низложение совершалось с соблюдением всех, установленных законами, формальностей, хотя бывали случаи, когда императоры обходились и без этого. Примеров низложения патриархов в описываемую эпоху множество. Вот некоторые из них. В конце 12-го века Исаак Ангел низложил и заточил, одного за другим, четырех патриархов — Василия Каматира, Никиту, Леонтия и Досифея. Также распоряжался патриаршей кафедрой и Михаил VIII Палеолог в 13 веке. Низложив благочестивого патриарха Арсения, он поставил на его место Германа; когда тот оставил кафедру, поставил Иосифа, низвергнув его потом за противодействие унии, затем поставил Иоанна Векка; даже и этого удалил, но возвратил только в угоду папским легатам. По поводу низложения патриарха Арсения и поставления Иосифа в церкви даже образовался раскол (арсенианский), который окончился только в 1312 году. Вследствие такого произвольного со стороны византийских императоров распоряжения патриаршей кафедрой, нередко случалось, что ее занимали люди недостойные и неспособные. Но все же было несколько замечательных патриархов, проходивших свое служение достойным образом. Таковы, напр., из константинопольских патриархов второй половины 11-го века: Николай Грамматик, известный своей любовью к просвещению и любимый народом; 12 в. — Михаил Каракуа, благочестивый и просвещенный патриарх, Козьма Аттик, отличавшийся святой жизнью и благотворительностью; Михаил Анхиалий, ревностный защитник православия против латинян; Феодосий, человек честный и праведный; 13 в. — Арсений, человек строгой и благочестивой жизни; Афанасий, строгий отшельник и ревностный исправитель нравов клира, его обличений боялись даже царские дети; 14 в. — Иоанн Гликис, просвещенный и трудолюбивый пастырь и другие. Других восточных патриархов известно немного, сохранились одни только имена. Из Александрийских патриархов замечательны: Николай I (около 1200 г.), переписывавшийся с папой Иннокентием III об освобождении от турок Египта при помощи крестоносцев; Николай II, бывший на соборе в Константинополе, низложившем Арсения, и державший его сторону; Афанасий III, принимавший живое участие в делах константинопольской церкви во время лионской унии; 15 в. — Филофей, осудивший вместе с другими патриархами флорентийскую унию. Из иерусалимских патриархов замечательны: Лазарь (14 в.), подвергавшийся страшным истязаниям за веру от турок в Египте; Иоаким (15 в.), осудивший флорентийскую унию, и другие.