Чесноков получил большую известность как регент и автор духовной музыки. Всего Чесноковым создано около пятисот хоровых пьес – духовных сочинений и переложений традиционных распевов, обработок народных песен, хоров на стихи русских поэтов. Чесноков – один из наиболее видных представителей т.н. «нового направления» в русской духовной музыке.